5月29 日晚上 18:00 点,openbiox 社区 Code Friday 活动在景色怡人的七宝古镇旁顺利举办。虽然天空中下着毛毛细雨,依然挡不住大家"共商大事"、共同学习的热情。
这次 Code Friday 活动,共有 10 余位多个领域的专业人士报名参加。其中包括中山、瑞金、市一等各大三甲医院的一线临床医生,努力学习数据分析技术的生信爱好者,以及实战经验非常丰富的资深科研人员。大家的背景各不相同,但是学习的目的和高涨热情都是出奇的一致。
会议内容
此次会议的主题主要基于 openbiox 社区的开源项目进行展开,并重点对目前比较火热的数据可视化平台相关内容进行了讨论。如 Vue.js、 R 语言可视化、Shiny 应用开发等。
首先为大家分享的是 openbiox 社区的发起人之一,Jianfeng 。他简单介绍了 openbiox 社区的起源以及创立的原因:国内缺乏相对成熟的生物信息学开源社区;国内从事生物信息学研究的本科生和研究生大多不重视对开源社区的贡献;国内培养的交叉学科人才仍然非常匮乏,而快速进展的数据爆发式增长,亟需更多交叉学科人才。
而后,他对过去一年多时间已经完成的或者正在进行中的代表性开源项目进行了总结和讨论。大家从科研应用、技术环节和后续的扩展支持等方面发表了诸多有见地的实用性意见。





https://openbiox.github.io/Cookbook-for-R-Chinese/index.html (二维码自动识别)





第二个为我们分享的是 openbiox 社区成员 Jack Wang 。他介绍了其在 2020 年新冠肺炎疫情期间与 Jianfeng 合作正在开发的开源云绘图系统 Hiplot(绘图就是绘图)。该系统目前实现了常用的 40 余种科研绘图功能(主要基于 R 语言的可视化函数)。解决了科研用户在绘图过程中的部分痛点,实现了免费、高效、多元、美观、省心的科研绘图,使用户不再受累于复杂的统计知识和繁琐的编程过程,一键矢量出图。会议过程中,大家纷纷提出了自己的见解和意见。

第三个分享的是来自市一医院的徐博士,他给大家演示和汇报了自己新近开发的 Geo explorer工具。该工具基于 R shiny web APP 开发,可通过检索 Geo Accession Number,直接进行差异基因筛选功能注释,GO 和 KEGG 功能富集分析,同时可以绘制气泡图、火山图、主成分分析散点图等动态交互图形,并可以实现多种 Gene ID 的相互转换。




活动过程中,大家对于这个工具的实用性、用户的可操作性、在代码层面的实现过程等技术问题提出了自己的见解。
第四位为我们分享的是来自中科院计算所的赵博士。他首先为我们演示了自己正在进行的一部分网络爬虫、数据分析和可视化的工作(做的非常不错)。同时,向我们介绍了自己的博客平台。(点击《熊言熊语》- Apple 播客 进入。其中涉及内容的广度和深度都有,感兴趣的朋友可以持续收听关注)

活动小结
通过这次活动我们又结识了很多志同道合的小伙伴。在整个活动过程当中,大家都表示自己收获很多。同时,每个人根据自己不同的专业背景,从临床应用,科研应用,技术实现和用户体验等不同的层面发表了自己的意见,整个活动在非常热情和激烈的讨论环节中结束。这正是创立 openbiox 社区,召开 Code Friday 活动的宗旨所在,我们希望会有更多的人参与进来,不管你是临床医生、科研人员、生信分析师、或者是企业代表,我们为大家提供这样一个畅所欲言、共同学习进步的平台。

因为开源,所以更好;因为开源,所以强大。我们不缺技术,也不缺热情。Code Friday,欢迎每个人的加入。下次活动,敬请关注 openbiox 社区官方通知(<https://zhuanlan.zhihu.com/openbiox>)。